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xiangze's sparse blog

機械学習、ベイズ統計、コンピュータビジョンと関連する数学について

stanでODEパラメーター推定を試す(その1)

stan

基本的には
http://statmodeling.hatenablog.com/entry/sir-model-ode-1
と同じ内容なのですが、

  1. 時間の間隔を指定しなくてもよいのか
  2. transformed dataとして指定するx_i,x_tは必要か(stanを呼び出したコードからは見えない)

という(個人的な)疑問点に関する解答となっています。


gist.github.com

最初の疑問は時間の間隔は引数TS、T0に観測値と対応する値(観測時刻)とその初期値を入れておけば不等間隔でもOK
2番目の疑問は必要ということでx_i,x_tは必要でないとintegrate_odeの引数が少ないというようなエラーが出てきます。関数のコンパイルが失敗しているようです。

stan manual(version 2.9)の19. Solving Differential Equationsに相当する部分です。