stanでODEパラメーター推定を試す（その1)
基本的には
http://statmodeling.hatenablog.com/entry/sir-model-ode-1
と同じ内容なのですが、
- 時間の間隔を指定しなくてもよいのか
- transformed dataとして指定するx_i,x_tは必要か(stanを呼び出したコードからは見えない)
という(個人的な)疑問点に関する解答となっています。
最初の疑問は時間の間隔は引数TS、T0に観測値と対応する値(観測時刻）とその初期値を入れておけば不等間隔でもOK
2番目の疑問は必要ということでx_i,x_tは必要でないとintegrate_odeの引数が少ないというようなエラーが出てきます。関数のコンパイルが失敗しているようです。
stan manual(version 2.9)の19. Solving Differential Equationsに相当する部分です。
